Auch wenn sie für die Patient*innen deutlich weniger sichtbar sind als öffentliche Apotheken: Krankenhausapotheken stellen die Versorgung der zugehörigen Klinik(en) mit Arzneimitteln sicher und beraten mit pharmazeutischem Fachwissen. Die Aufgaben der Apotheker*innen sind vielfältig und unterscheiden sich je nach Bereich und Spektrum der Krankenhausapotheke. So kann dazugehören, die Stationen mit Arzneimitteln zu beliefern, patientenindividuelle „klassische“ Rezepturen und Defekturen sowie sterile Zubereitungen herzustellen, die Arzneimittel patientenindividuell zu verblistern, Anfragen zu bearbeiten, andere Berufsgruppen im Krankenhaus zu begleiten oder an klinischen Studien mitzuwirken. Je nach Krankenhausapotheke kann variieren, ob man fest in einem Bereich arbeitet oder zwischen verschiedenen Bereichen wechselt.